Ada banyak cara yang berbeda untuk melakukan pencarian mata-mata. Salah satunya yaitu dengan melakukan pemindaian menyeluruh terhadap registri dan media penyimpanan untuk melihat entri dan berkas yang mencurigakan yang semestinya membutuhkan waktu yang cukup lama. Spybot-S&D bekerja dengan cara yang berbeda dan mengambil keuntungan dengan memanfaatkan fakta bahwa semua jenis mata-mata harus mengaitkan diri mereka pada beberapa tempat di sistem agar bisa bekerja. Spybot memulai dengan mencari ditempat-tempat sistem tersebut berada dan mengambil informasi yang tersedia untuk menunjukkan dengan tepat lokasi dimana mata-mata berada dan menangkap seluruhnya.